भाभा परमाणु अनुसंधान केंद्र (भा.प.अ.कें.), ट्रॉम्बे, मुंबई
इंदिरा गांधी परमाणु अनुसंधान केंद्र (आईजीसीएआर)
राजा रमन्ना उन्नत प्रौद्योगिकी केंद्र (आरआरसीएटी)
जिसे पहले उन्नत प्रौद्योगिकी केंद्र (कैट) के नाम से जाना जाता था
परिवर्तनीय ऊर्जा साइक्लोट्रॉन केंद्र (वीईसीसी)
टाटा मूलभूत अनुसंधान संस्थान (टीआईएफआर)
साहा परमाणु भौतिकी संस्थान (एसआईएनपी)
टाटा मेमोरियल सेंटर - कैंसर में उपचार, अनुसंधान और शिक्षा के लिए उन्नत केंद्र (एक्टआरईसी)
हरीश-चंद्र अनुसंधान संस्थान (एचआरआई)
जिसे पहले मेहता गणित और गणितीय भौतिकी अनुसंधान संस्थान के नाम से जाना जाता था
गणितीय विज्ञान संस्थान (आईएमएससी)
प्लाज्मा अनुसंधान संस्थान (आईपीआर)
औद्योगिक प्लाज्मा प्रौद्योगिकी सुविधा केंद्र (एफसीआईपीटी)
परमाणु ऊर्जा शिक्षा सोसायटी (एईईएस)
प्रशासनिक प्रशिक्षण संस्थान (एटीआई), डीएई
परमाणु विज्ञान अनुसंधान बोर्ड (बीआरएनएस)
राष्ट्रीय उच्च गणित बोर्ड (एनबीएचएम)
होमी भाभा राष्ट्रीय संस्थान (एचबीएनआई)